A Apae Goiânia foi fundada em 29 de maio de 1969 e atualmente atende mais de 600 usuários. A instituição oferece serviços na área de saúde nos Ceates - Centro de Atendimentos Especializados I e II (Complexos I e II, respectivamente) e o CER II – Centro Especializado em Reabilitação II (Complexo II) que realizam atendimento multidisciplinar, habilitação e reabilitação física e intelectual para todas as idades oferecendo atendimentos nas especialidades de enfermagem, pediatria, fisioterapia – motora e respiratória, fonoaudiologia, musicoterapia, neurologia, nutrição, odontologia, psicologia, psiquiatria, serviço social, terapia aquática e terapia ocupacional.
O IDP – Instituto de Diagnóstico e Prevenção é uma unidade da Apae Goiânia responsável pela realização do Teste da Mamãe, um programa de triagem neonatal que realiza gratuitamente 13 exames que previnem deficiência intelectual no bebê. O Teste compõe o Programa de Proteção à Gestante do Estado de Goiás e é uma parceria entre a Secretaria Estadual de Saúde, e Secretarias Municipais de Saúde, e a Apae Goiânia.
Na área de educação a Apae Goiânia possui convênio com as Secretarias Municipal e Estadual de Educação e mantém as escolas especiais: CEESHA – Centro de Educação Especial Helena Antipoff - 0 a 6 anos, CEPAT - Centro Educacional Professor Anísio Teixeira - partir de 07 anos, e o CEPROLIM - Centro de Profissionalização Especial Dr. Lincoln Marques da Rocha – prepara jovens e adultos para o mundo do trabalho. A instituição inaugurou em 2022 o CEECONS - Centro Especializado de Educação e Convivência Nestore Scodro que atende jovens e adultos que já cumpriram todos os processos de escolarização.
Na área de assistência social atua na articulação e defesa dos direitos da pessoa com deficiência, participando de ações e movimentos do terceiro setor e hoje integra o CMDCA – Conselho Municipal dos Direitos da Criança e do Adolescente, CMAS GYN -Conselho Municipal de Assistência Social, Conselho Municipal da Pessoa com Deficiência e Mobilidade Reduzida e CEE - Conselho Estadual de Educação. Nesses 54 anos de existência a Apae Goiânia cresceu e aprimorou os seus serviços.